Le nouveau modèle d’ADN de DeepMind prédit mieux les effets des mutations sur différentes cellules, ce qui pourrait ouvrir de nouvelles pistes thérapeutiques.
Pushmeet Kohli / @pushmeet · Je suis très heureux de présenter AlphaGenome 2, le modèle génomique de nouvelle génération de @GoogleDeepMind, qui décrypte les effets des changements de l’ADN sur les cellules. Les cellules sont les unités fondamentales de la vie et sont essentielles à notre compréhension de la biologie. Prédire les effets des changements de l’ADN sur le fonctionnement des diff...
Pavol Drotar / @drotarpavol · Ravi d’annoncer AlphaGenome 2 — notre nouveau modèle génomique pour interpréter la régulation des gènes et les variants, avec une meilleure spécificité des types cellulaires. Pour en savoir plus, lisez l’article de blog : https://deepmind.google/...
Jinyan Su / @sujinyan6 · Google DeepMind vient de lancer AlphaGenome 2, et le grand changement tient à sa conception. C’est un modèle conditionnel : donnez-lui une séquence d’ADN d’un million de lettres, ainsi qu’un type ou un état cellulaire précis, et il prédit comment cet ADN est lu dans ce contexte. Il a été entraîné sur plus de 107 millions de profils unicellulaires issus de 68 tis...
@avsecz · AlphaGenome 2 est disponible ! Une nette amélioration des performances et de nouvelles capacités par rapport à AG1 ! Le fil d’@adamgayoso présente les principaux résultats. Manuscrit : https://storage.googleapis.com/ ... Article de blog : https://deepmind.google/... API : https://github.com/... Quelques notes sur son fonctionnement interne et la suite : [publication citée]
John Reid / @__reidy__ · La plupart des variants génétiques liés aux maladies humaines se situent en dehors des gènes et n’agissent que dans certains états cellulaires. Aujourd’hui, nous présentons AlphaGenome 2 pour aider à relier ces variants aux cellules et aux gènes qui provoquent les maladies. Prépublication : https://storage.googleapis.com/ ... Article de blog : https://deepmind.google/... [image]
Adam Gayoso / @adamgayoso · Côté données, nous avons ajouté au corpus bulk d’AG1 environ 3 500 pistes de pseudobulk scRNA-seq et scATAC-seq humaines et murines issues de 36 études, ainsi que des données de méthylation CpG résolues par type cellulaire pour 185 conditions humaines. Notre objectif était ici d’entraîner le modèle sur un ensemble diversifié de contextes, et non de maximiser uniquement le nombre de c...
Adam Gayoso / @adamgayoso · AlphaGenome 1 (AG1) reposait sur des pistes bulk fixes. Pour l’étendre aux atlas unicellulaires, il fallait résoudre deux problèmes : 1. Distinguer les états cellulaires proches au sein d’un tissu 2. S’adapter à de nouveaux jeux de données unicellulaires sans réentraînement Nous avons donc reconstruit AG2 sous la forme d’un modèle conditionnel. Les entrées sont...
Adam Gayoso / @adamgayoso · Les atlas unicellulaires continuent de cartographier la diversité des états cellulaires, mais comment les utiliser pour interpréter les variants génétiques non codants ? Ravi de présenter AlphaGenome 2, notre modèle qui prédit l’activité régulatrice spécifique à chaque type cellulaire et les effets des variants à partir de la séquence d’ADN. https://deepmind.google/...
@googledeepmind · En prédisant comment un même ADN est lu différemment d’une cellule à l’autre, AlphaGenome 2 ouvre des possibilités inédites pour comprendre la génétique humaine. Il est disponible dès maintenant pour la recherche non commerciale via notre API et des tutoriels Colab interactifs. Pour en savoir plus → https://deepmind.google/...
@googledeepmind · Observer un tissu entier à la fois, c’est comme regarder une image floue : on en perçoit les contours, mais on ne voit pas ce qui se passe à l’intérieur de chaque pixel. Entraîné sur plus de 100 millions de profils issus de 68 tissus, AlphaGenome 2 se concentre sur un type cellulaire à la fois et repère près de deux fois plus de mutations qui activent les gènes et...
@googledeepmind · Le modèle s’adapte aussi aux expériences en laboratoire à la volée, sans réentraînement. Les chercheurs peuvent lui fournir les données de quelques dizaines de cellules seulement pour observer comment se comportent les changements de l’ADN à des moments précis, par exemple : 🔘 Des cellules immunitaires qui réagissent à un vaccin 🔘 Des cellules spécifiques de l’intestin qui provoquent une maladie inflammatoire 🔘 Des cellules souches...
@googledeepmind · Votre cœur, votre cerveau et votre système immunitaire partagent la même séquence d’ADN. Alors, comment une modification d’une seule lettre peut-elle affecter la maladie dans certaines cellules tout en épargnant les autres ? AlphaGenome 2 est notre nouveau modèle d’IA, qui zoome sur des cellules spécifiques pour aider les scientifiques à comprendre ce qui provoque les maladies. 🧵
